同样是每年逾50亿元的财政补贴，2011年广州公交尚有近亿元的利润，但到了2012年却亏损逾2亿元。审计报告认为，目前广州12家公交企业整体在“保本微利”的状态下运行，财政补贴支出的压力增大。
审计报告显示，广州市公交实行低票价政策，为弥补12家公交企业的惠民政策性损失，2011年、2012年，中央、市财政向各企业拨付财政补贴共计52.8亿元(按受益期统计)。
审计测算前年仅一公交企业盈利
因2012年度公交行业财政综合补贴未进行最后清算，故两年经营状况差异较大。
审计调整后，2011年，12家公交企业利润总额为9583万元，成本利润率为1.48%，其中：9家盈利，3家亏损；2012年，利润总额为-20634万元，成本利润率为-2.94%，2家盈利，10家亏损。
审计局在综合考虑统一会计核算方法、财政补贴收入改按收益期统计和调整违规行为等因素的前提下，测算发现，2011年，公交营运利润为12653万元，行业成本利润率为2.18%，6家盈利，5家亏损；2012年，公交营运利润为-50199万元，行业成本利润率为-7.71%，1家盈利，11家亏损。
2011年至2012年，有10家公交企业通过隐瞒、虚挂或重复、提前或推迟等方式确认财政补贴收入，调整当期利润，涉及金额42251万元；
2011年至2012年，有3家公司通过多列成本费用，少计当期利润1624万元；有3家公司少列成本费用，虚增当期利润1862万元；
2012年，珍宝公司列支不属于本公司承担的车辆租赁费1444万元。
亿元工资福利被篡改为企业利润
市一汽公司违规将属于国有资产的转制前应付工资及福利费结余1.1亿元转增企业利润，并向民营股东支付不合理经济补偿款7432万元。
市二汽公司属下二巴公司的外资股东未足额认缴出资额，涉及金额1974万元。
整改情况
12家公交企业除一汽公司外，其他已整改完毕。审计调查过程中已追回不合理经济补偿款6650万元，余款将根据市政府同意的市交委关于一汽公司改制未尽事宜一揽子解决意见继续追收。
